对不合格党员进行组织处理，是一项政策性很强的工作，既要坚持标准，严格要求，又要实事求是，切实对党员的政治生命负责。因此，在实际工作中，要做到“事实清楚、理由充分、处理恰当、手续完备”。一般应遵循以下程序：
(1)对在民主评议中初定的不合格党员的主要问题进行核实，并整理成综合性写实材料。材料内容一般包括：党员简况，主要问题，评议意见，本人态度等。
(2)支部委员会依照处置不合格党员的政策界限，提出初步处理意见，并听取被处置对象的意见。
(3)召开党员大会，讨论支部委员会提出的初步处理意见。
(4)党支部将党员大会通过的处置决定、核实的材料一并报送上级工委审批。机关工委经过认真审查党支部上报的材料，经过充分讨论后作出决定。
(5)党支部收到工委批复文件后，要及时找被处置对象谈话，转告机关工委的审批意见，做好思想工作。之后，召开党员大会，宣布工委决定。
在处置不合格党员中，要注意区分几种界限：注意把已经丧失共产主义信仰和党性立场，反对或抵制党的基本理论、基本路线、基本政策和上级党组织的正确决议与不善于学习，思想跟不上形势，认识糊涂，对党的方针政策和决议有抵触，不认真贯彻执行的人区别开来；注意把由于党组织不健全或软弱涣散造成党员不能履行义务，同党员本人主观上不愿意履行义务区别开来；注意把由于经验不足和能力所限造成工作上的损失和失误，同本人思想品质不好，以权谋私，损害国家和人民利益区别开来；注意把因年老体弱或长期患病等实际困难，无力完成党组织分配的工作，不能经常参加党的活动，同革命意志衰退，不起党员作用区别开来。
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